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A partir da área de Concentração “Sistemas para produção Agropecuária Sustentável”, o PPAGRO está estruturado em duas linhas de pesquisa: “Produção Agropecuária Sustentável” e “Sanidade Vegetal”.
O Mestrado Acadêmico é constituído por atividades integradas de ensino e pesquisa, tendo como objetivo formar profissionais qualificados para atuação como docente no ensino superior, para realização de atividades de pesquisa e para o exercício profissional em organizações públicas ou privadas.
O Mestrado em Agronomia é destinado aos portadores de diploma de ensino superior, preferencialmente em cursos que compõe a área das Ciências Agrárias I. Os estudantes do último ano da graduação poderão se inscrever, desde que no ato da matrícula apresentem certidão de conclusão de curso, acompanhado do histórico escolar.