O programa apresenta duas linhas de pesquisa
1) Produção Agropecuária Sustentável
Descrição:
Um sistema de produção agropecuária sustentável é a garantia da satisfação das necessidades da população atual, mantida a qualidade ambiental e a preservação dos recursos naturais. Esta linha tem por objetivo retratar os aspectos da produção animal e vegetal e estabelecer as bases para a melhor interação entre as atividades agrícola e pecuária otimizando o potencial produtivo de uma determinada região. Tem como um dos seus alicerces programar a utilização dos elementos naturais, de modo que as explorações agrícolas se realizem de acordo com o potencial de cada área objetivando conservar a potencialidade produtiva destes elementos, principalmente o solo e a água.
Esta linha de pesquisa visa estabelecer uma visão dos recursos naturais e o potencial agropecuário das terras permitindo o planejamento de uso da mesma e, por meio de recursos computacionais detectar processos de degradação e propor mecanismos de mitigação e recuperação destas áreas.
2) Sanidade Vegetal
Descrição:
Esta linha tem por objetivo retratar as atividades de pesquisa relacionadas ao manejo de pragas, doenças, com o estabelecimento de padrões de qualidade na eficiência de controle destes agentes de danos, assim como na otimização do uso dos agroquímicos pela redução de aplicações e das perdas, com vistas à sustentabilidade socioeconômica e ambiental.